东京医科齿科大学的前身是东京公立高等牙科学校,该校成立于1928年,是日本第一所牙科教育机构。 此后,医学系于1944年成立,并成为东京医科牙科学院,并于1951年成为新的大学“东京医科牙科大学”,并一直延续至今。
2020年10月15日,东医齿被指定为“指定的国立大学法人“。
东医齿是四大大学联盟的成员,还是医疗系产学研合作网络协议会的干事。在《泰晤士报高等教育》 2021年世界大学排名中,它在全球排名365,在日本排名第15 。在2019年QS世界大学排名中,它在医学领域排名世界第51-100(日本排名第4),在牙科领域排名世界第10(日本排名第1)。